Das steckt dann immer noch interm im startup.blend. Das ist dein Factory Default Layout.
Und auch wenn du eine Szene speicherst wird das Layout mitgespeichert. Selbst wenn du Load UI aus hast. Mit fremden Blenderfiles kannst du also immer den Status laden in dem das File mal gespeichert wurde. Sofern eben Load UI an ist. Damit können andere User ja was anfangen.
Die Userpreferences sind aber eben nun ein getrenntes *blend File. Heisst userpref.blend. Das sind ja Daten mit denen ein anderer Blender User nichts anfangen kann. Also wieso mit jedem Blend file mitschleppen?
Dass die das dann endlich getrennt haben macht also schon Sinn. Und weil der ganze Mist mit den Userpreferences eh schon als *blend File vorlag waren die Devs eben faul und haben das beibehalten. Das Ding sieht ja in der Regel eh niemand
Als Entwickler biste hier allerdings der Mops. Das Blend Fileformat ist gruslig dokumentiert und schwer zugänglich ...