Präsentationslösung gesucht.

Dann ist Adobe Flash das was du suchst

Hast du denn einen konkreten Vorschlag zur Umsetzung in Flash bzw. hast du sowas schon gemacht in Flash?

Flash ist an und für sich schonmal ein guter Ansatz, in Verbindung mit ActionScript lässt sich da bestimmt schnell was machen.
Etwas aufwändiger wäre es das ganze mit LaTeX und tikzpictures umzusetzen, hier kannst du dann aber in der Animation auch "pause" einfügen, dann wird sie genau an der Stelle gestoppt. Ist jedoch etwas schwierig das jetzt auf die Schnelle zu lernen.