Mal bissi Klugscheissen ^^
Save User Settings ist was anderes als Save Startup File. Früher war das ein File. Da hat man für alles das Startup File gespeichert. Das haben sie aber aufgeteilt. Für manche Sachen musst du das Startup File speichern, für manche die User Settings.
Als goldene Regel: für alles was mit Layout zu tun hat speicherst du das Startup File. Das ist der Hotkey Ctrl U, oder eben das Menüitem Save Startup File.
Und für alles was du in den User Preferences ändern kannst speicherst du die User Settings. Da gibts meines Wissens keinen Standard Hotkey fürs speichern, nur den Hotkey um die User Preferences zu öffnen