Wie bitte!? Du konntest im Handbuch nichts über das Skinobjekt finden?
Der war gut (Skin-Objekt auswählen, nen Parameter markieren, Strg+F1 drücken).
Änderst Du was an der Topologie, änderst Du die Punktesequenz, aus der das Mesh besteht.
Deshalb musst Du neu wichten. Das Skinobjekt verschwindet aber nicht.
Zum Problem mit dem Schwanz: Dreh die Joints einfach wieder so hin, dass es passt und klick dann im Weight-Tag auf sowas wie "Asugangspose festlegen". Dann werden Deine Joints neu am ursprünglichen Mesh ausgerichtet.
edit:
Die Augen kannste - so wie alles andere auch - per Constraint nachträglich ans Mesh binden. Das geht sogar mit einzelnen Punkten.
edit #2:
Und auch wenn Du das Mesh änderst:
Achte darauf, dass das Skinobjekt deaktiviert ist, sowie im Weighttag die neuen Polys an einen Joint gebunden sind. Nochmal neu zuweisen das Ganze - tadaaa. Fertsch.