Wirklich erstaunlich, dass der Export/Import von Metaballs fast problemlos geklappt hat ..
Ich vermute auch, dass die Komplikationen auftreten, weil du die Metaballs als verschiedene Objekte vorliegen hast (Metaball, .001, .002).
Bei einem Mesh könntest du diese einfach mittels Auswählen, STRG+J zu einem Objekt verbinden - mit Metaballs geht das, soweit ich weiss, nicht. Hier bräuchtest du also den Zwischenschritt, den animelix erwähnt hat, die Metaballs übers Menü oder ALT+C in ein Mesh zu konvertieren. Dann hast du aber ein starres Mesh und kannst daran, zumindest mittels Metaballs, nichts mehr anpassen.
In Zukunft könntest du die Metaballs einfach in einem Objekt anlegen - d.h., du machst deine Änderungen im Edit Mode. Da kannst du, wie im Objektmodus auch, mittels SHIFT+A oder "Add"-Menü, neue Metaballs hinzufügen, hast die zwei Ringe für jeden einzelnen Ball, usw.
Zusätzlich hast du eine globale Einstellung für die Auflösung für das gesamte Metaball-Objekt.
Wenn es nur ein Objekt ist, funktioniert der Import dann evtl. auch ohne Probleme.